Der ehrenamtliche Vereinsvorstand des Maritimen Clusters Norddeutschland besteht aus insgesamt sieben Personen: dem Vorsitzenden, dem zweiten Vorsitzenden, dem Schatzmeister sowie vier Beisitzern. Unter den Beisitzern ist ein Ländervertreter, der die fünf norddeutschen Bundesländer repräsentiert und der jährlich wechselt. 2020 übernimmt das Bundesland Hamburg diese Aufgabe.