Das MCN arbeit eng mit folgenden Clustern zusammen:

• Cluster Erneuerbare Energien Hamburg
• DiWiSH - Digitale Wirtschaft Schleswig-Holstein
• Exzellenzcluster "Future Ocean" ("Ozean der Zukunft")
• Hamburg(at)Work
• Kompetenznetzwerk Ernährungswirtschaft Schleswig-Holstein
• Logistik-Initiative Hamburg
• Forschungsgemeinschaft Innovative Logistik e.V.
• Logistik Initiative Schleswig-Holstein
• Luftfahrtcluster Metropolregion Hamburg
• MARISSA
• Pôle Mer Bretagne
• windcomm schleswig-holstein
• Süderelbe AG
• Cluster Maritime Luxembourgeois